背景信息
VASP全称Vienna Ab-initio Simulation Package,VASP是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。它是材料模拟和计算物质科学研究中最流行的软件之一。
准备工作
操作步骤
1.登录EHPC集群,安装VASP 5.4.4。
# 加载 intel OneAPI 环境变量;
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
# 进入vasp安装包目录
cd /opt/vasp.5.4.4
# 准备编译配置文件
cp arch/makefile.include.linux_intel ./makefile.include
# 根据需要,选择编译的模块 std表示标准模块,all编译所有模块
make std
编译完成后,会生成对应的应用程序可执行文件:
2.作业提交
准备测试文件,将vasp_std拷贝到作业目录下,使用hpcuser用户提交任务:
创建Slurm脚本 submit.sh,使用2台节点,每节点使用16核:
#!/bin/bash
#SBATCH -J VASPtest
#SBATCH -N 2
#SBATCH --ntasks-per-node=16
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
mpirun ./vasp_std
提交任务:提交后会生成作业ID。
使用scontrol show job JOBID 命令,可查看作业运行状态;
使用scancel JOBID 命令,可以终止作业。