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slurm简介
slurm是资源管理器和作业调度器，介绍请见：https://slurm.schedmd.com/overview.html
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安装slurm
环境：ubuntu 20.04
slurm的安装请见：https://zhuanlan.zhihu.com/p/573822867?utm_id=0
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安装singularity和lammps
请见上一篇文章：https://www.ctyun.cn/developer/article/427114399719493
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通过slurm和singularity跑lammps作业
slurm跑MPI的几种方式：
方式1：Slurm 直接启动任务并通过 PMI-1、PMI-2 或 PMIx API 执行通信初始化。（大多数现代 MPI 实现都支持。）
srun --mpi=pmix_v4
方式2：Slurm 为作业创建资源分配，然后 mpirun 使用 Slurm 的基础设施 (srun) 启动任务。
方式3：Slurm 为作业创建资源分配，然后 mpirun 使用 Slurm 以外的某种机制（例如 SSH 或 RSH）启动任务。这些任务在 Slurm 的监视或控制之外启动，需要从批处理节点（例如 SSH）访问节点
使用singularity容器跑MPI
mpirun -n 4 singularity exec mpitest.sig /opt/mpitest
结合slurm跑lammps作业
编写lammps.slurm文件，内容如下：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name singularity-mpi
#SBATCH -N $NNODES # total number of nodes
#SBATCH --time=00:05:00 # Max execution time
mpirun -n $NP singularity exec library://hpc/default/lammps:latest /lammps/lmp_intel_cpu_intelmpi -in /data/in.lj
通过slurm命令提交作业
sbatch lammps.slurm
