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原创

Abaqus上使用Intel MPI

2024-12-19 09:15:00
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Abaqus内配置使用Intel MPI

环境:上海15资源池

当某些情况下Abaqus自带的IMPI无法使用时,需要将Abaqus中的Intel MPI替换成外部其他的Intelmpi版本,并对其合理配置。

首先修改abaqus_v6.env文件,该文件是abaqus任务的资源模板,启动命令是在abaqus_v6.env中规定的资源进行申请。

$ vi /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env

增加以下配置

mp_mpi_implementation=IMPI

实际路径根据个人安装位置进行修改。

替换Abaqus内的Intel MPI

使用外部intel mpi,替换abaqus自带的intelmpi,并对其进行配置:

$ mv /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin.bak

$ mv /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/libfabric /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/libfabric.bak

$ cp -r /opt/PKG/intel2021/opt/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/bin/ /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/

$ cp /opt/PKG/intel2021/opt/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/env/vars.sh /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin/mpivars.sh

此处Intel MPI的原始位置,根据已有的安装目录进行修改,一般的路径类似于xxx/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/

$ chmod +x /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin/mpivars.sh

$ cp -r  cp -r /opt/PKG/intel2021/opt/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/libfabric /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/

以上路径需根据自己的安装路径进行对应修改。

测试验证

$ source /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin/mpivars.sh

$ fi_info
provider: mlx
    fabric: mlx
    domain: mlx
    version: 1.4
    type: FI_EP_UNSPEC
    protocol: FI_PROTO_MLX
provider: psm3
    fabric: IB/OPA-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 1102.0
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_PSMX3
provider: psm3
    fabric: IB/OPA-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 1102.0
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_PSMX3
provider: psm3
    fabric: IB/OPA-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 1102.0
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_PSMX3
provider: mlx;ofi_rxm
    fabric: mlx
    domain: mlx
    version: 113.20
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_RXM
provider: verbs;ofi_rxm
    fabric: IB-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 113.20
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_RXM
...

这里fi_info的返回第一行,必须是provider: mlx;且verbs第一行的返回,domain: mlx5_4。若第一行不是mlx,或是第一行是verbs,但是 domain: mlx5_bond_0, domain不是mlx5_4,则无法使用上海15的ib网络。

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Abaqus上使用Intel MPI

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Abaqus内配置使用Intel MPI

环境:上海15资源池

当某些情况下Abaqus自带的IMPI无法使用时,需要将Abaqus中的Intel MPI替换成外部其他的Intelmpi版本,并对其合理配置。

首先修改abaqus_v6.env文件,该文件是abaqus任务的资源模板,启动命令是在abaqus_v6.env中规定的资源进行申请。

$ vi /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/SMA/site/abaqus_v6.env

增加以下配置

mp_mpi_implementation=IMPI

实际路径根据个人安装位置进行修改。

替换Abaqus内的Intel MPI

使用外部intel mpi,替换abaqus自带的intelmpi,并对其进行配置:

$ mv /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin.bak

$ mv /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/libfabric /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/libfabric.bak

$ cp -r /opt/PKG/intel2021/opt/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/bin/ /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/

$ cp /opt/PKG/intel2021/opt/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/env/vars.sh /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin/mpivars.sh

此处Intel MPI的原始位置,根据已有的安装目录进行修改,一般的路径类似于xxx/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/

$ chmod +x /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin/mpivars.sh

$ cp -r  cp -r /opt/PKG/intel2021/opt/intel/oneapi/mpi/2021.6.0/libfabric /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/

以上路径需根据自己的安装路径进行对应修改。

测试验证

$ source /opt/Abaqus2022/abaqus2022/SIMULIA/EstProducts/2022/linux_a64/code/bin/SMAExternal/impi/intel64/bin/mpivars.sh

$ fi_info
provider: mlx
    fabric: mlx
    domain: mlx
    version: 1.4
    type: FI_EP_UNSPEC
    protocol: FI_PROTO_MLX
provider: psm3
    fabric: IB/OPA-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 1102.0
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_PSMX3
provider: psm3
    fabric: IB/OPA-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 1102.0
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_PSMX3
provider: psm3
    fabric: IB/OPA-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 1102.0
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_PSMX3
provider: mlx;ofi_rxm
    fabric: mlx
    domain: mlx
    version: 113.20
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_RXM
provider: verbs;ofi_rxm
    fabric: IB-0xfe80000000000000
    domain: mlx5_4
    version: 113.20
    type: FI_EP_RDM
    protocol: FI_PROTO_RXM
...

这里fi_info的返回第一行,必须是provider: mlx;且verbs第一行的返回,domain: mlx5_4。若第一行不是mlx,或是第一行是verbs,但是 domain: mlx5_bond_0, domain不是mlx5_4,则无法使用上海15的ib网络。

文章来自个人专栏
EHPC
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